Nagyon problémás művelet. Ezzel a témával kapcsolatban eltérő vélemények vannak. Az esetek többségében a járműgyártók az intercooler cseréjét ajánlják. Az intercoolert a turbofeltöltő mechanikus meghibásodása esetén mindig le kell cserélnie. Nincs ugyanis semmilyen garancia arra, hogy a lerakódásokat teljesen el lehetne távolítani a vízsugárral való mosással, főként a csövezéses hűtők esetében.
A később beszívott szennyeződések okozta meghibásodások kockázata túl nagy. Az intercooler tisztítása kizárólag akkor jöhet szóba, amikor az egyedüli problémát a benne felgyűlt olaj jelenti. A gyakorlatban a vízzel való átmosás nagyon összetett művelet, főként azokban az esetekben, amelyeknél nagy csöveket kell kitisztítani, mint amilyenek a haszongépjárművekben találhatók. A tisztításhoz kizárólag a gépjármű-/ alkatrészgyártó által jóváhagyott folyadékot szabad használni. Más folyadékok használata az intercooler megrongálódását, illetve a garancia elvesztését vonja maga után.
